Marseille jusqu’en 1942 est en zone libre. Elle est ville refuge et terre d’asile pour les français fuyant l’occupation de la zone nord et pour les étrangers fuyant les fascismes et les persécutions.
Malgré son surnom de ville libre, la présence de l’occupant et les mesures prises par le gouvernement de Vichy se font sentir. Le 22 juillet 1941, un arrêté préfectoral ordonne le recensement des juifs. Dès septembre, les tickets de pain, de viande, de fromage et de matières grasses apparaissent.
Pourtant, le 3 décembre 1940, la visite du Maréchal Pétain est un véritable triomphe. Le quai du port devient le quai du Maréchal Pétain et le lycée Saint-Charles est renommé le lycée Philippe Pétain.
En novembre 1942, Marseille voit arriver les troupes d’occupation sur la Canebière.
La Gestapo s’installe au 425 rue Paradis, avec à sa tête le S.S Rolf Mülher.
Les rafles des juifs débutent en janvier 1943. Les rafles du centre-ville se situent entre le 22 janvier et le 29 janvier. Elles ont été suivies d’environ de 1900 transferts dont 1600 pour Compiègne. L’évacuation des vieux quartiers a été prise en main par les allemands avec l’aide de la police française.
Le dynamitage par les allemands du quartier du Vieux-Port débute en février et se fait maison par maison. Du 1er au 17 février, plus de 1490 immeubles explosent après avoir été minés.
La préfecture publie un communiqué le 24 janvier: ” Pour des raisons d’ordre militaire et afin de garantir la sécurité de la population, les autorités militaires allemandes ont notifié à l’adminsitration française l’ordre de procéder immédiatement à l’évacuation du quartier Nord du Vieux-Port.” Ces opérations auraient été ordonnées par Hitler lui-même. Les allemands n’avaient aucune confiance en Marseille, ” Marseille, la rebelle”, ” Marseille la Résistante”. En effet, une résistance s’était organisée au sein de la ville et elle était très active. De nombreux bombardements contre les forces occupantes avaient eu lieu. Mais la ville est aussi un enjeu stratégique pour Hitler. La guerre en Méditerranée devient centrale et Marseille est un nœud stratégique notamment depuis le débarquement des forces alliées en Afrique du Nord.
En l’espace d’une quinzaine de jours, Marseille a vécu un véritable séisme: des dizaines de milliers de contrôles, des milliers d’habitants chassés de leurs logements, des milliers d’arrestations.
Après ces rafles, il en eut d’autres par vague. Marseille commence alors à se vider d’une partie de sa population qui fuit vers les campagnes voisines.
Le 15 août 1944, les troupes alliées débarquent en Provence
Le 17 août, la CGT clandestine décide une grève insurrectionnelle. Le 19, la grève est totale.
Le 21 août, le comité Front National prend possession des services de Vichy, le préfet est fait prisonnier. Les patriotes sont alors appellés à passer à l’action. Des combats s’engagent entre civils et soldats. Le 22 août, une grande partie de la ville a été libérée.
Le 23, les troupes françaises de l’armée d’Afrique sont aux Cinq Avenues. Les allemands se retranchent dans le port, les forts, les parties hautes de la ville et sur les bords de mer. Mais les nids allemands sont peu à peu réduits. Le 28, Marseille est enfin libre.