Les premières traces humaines connues à ce jour dans le secteur de Saint-Jean du Désert sont des tombes jumelles chasséennes datées entre 4400 et 3300 avant J.C.
Après l’effondrement de l’empire Romain, ce furent les moines de Saint Victor qui exploitèrent ce territoire dès le IXe siècle. Saint-Jean du Désert ne prit son nom qu’au XVIIe siècle, suite au démembrement d’un terroir plus grand appelé Sarturanus, soit le jardin, devenu Sarturan, qui embrassait en plus de Saint-Jean de Désert : Saint Pierre, Saint Barnabé, et l’Arcussia (propriété rattachée plus tard à Saint Loup).
L’activité qui rendit célèbre le quartier dans le monde entier fut ses carrières d’argile plastique d’une rare qualité. Cette exploitation intensive aboutit fin 1677 début 1678 à la naissance des Faïenceries Fabre-Clerissy, qui transformèrent certaines poteries en une activité faïencière naissante et dominante.
